公司治理结构，尤其是上市公司的治理结构，不但是经济管理层面的问题，同时也是重要的法律问题。从当前我国公司治理结构的现状来，完善公司治理结构需要解决法律规范中的三个基本问题。
第一， 在公司治理结构的法律规范中究竟在多大程度上允许当事人的意思自治？中国许多上市公司的问题与此相关。让我们从一个简单的案例进入这个问题。中国公司法中没有CEO（首席执行官）的规定，也没有有关其职权的规定。那么在中国设立的公司中除董事长和经理外又设立CEO是否违法呢？提炼一下，这个案例的核心问题就是：法律没有规定的，究竟是允许呢，还是禁止？中华人民共和国合同法第52条规定合同无效的一项事由是：“违反法律，行政法规的强制性规定。”章程和合同具有相似的性质。我们可以解释为：公司章程中任何规定，只要违反法律和行政法规强制性规定的，均应视为违法无效。这一法律规定将无效的范围限制、缩小了。要注意，这里有两个限制词：一是违反法律和行政法规，而不是任何政府的规范性文件，甚至地方法规也不在其内；二是违反的必须是强制性规定，而不是任意性规定。第一个界限好划清，第二个界限就困难多了。
公司法中究竟哪些是强制性规范，哪些是任意性规范，争议颇多。有些人认为公司法与合同法的性质相同，发生歧义时，应解释为任意性规范。我认为处理这个问题首先应区别上市公司与非上市公司，上市公司应有更多的强制性规范。其次要区别股份公司与有限公司，有限公司应当有更多的任意性规范。在公司治理结构问题上，在公司意思机关（股东会、董事会、监事会）的设立及权限、法定代表人（董事长）、表决程序中涉及章程修改、少数股东利益保护等方面应是法定主义（强制性规范），在这个基础上，其他方面应当允许在章程中作出与法律不同的规定。在公司治理结构上哪些允许放开，哪些必须管严，目前还缺乏科学的界定。一味的管严，一切都是强制性规范，不利于公司根据自身不同情况创造多种有效的管理模式，更何况世界各国管理模式也在日新月异。只有统一性而无多样性是不利于公司发展的。
第二， 在公司治理结构的法律规范中究竟在多大程度上允许股东（尤其是大股东）和公司利益的一致？公司法的一个基本原理是公司中存在着两个主体、两种权利、两种利益、两种责任。股东和公司是不同的主体，其权利、利益和责任自然也就不同。公司的利益决不能等同于股东的利益。但另一方面，公司最高管理机构董事会的成员又都是控股股东、大股东提名选择组成的。要让董事会不为大股东、控股股东的利益工作几乎是不可能的。从法律制度层面来看，有许多制度安排就是防止控股股东操纵公司为自己谋利益的。其中最重要的是应当引进“次级债权”的理论和实践。
“次级债权”理论源于美国公司判例法上的“深石原则”（Deep－Rock Doctrine），即法院只要认定被控公司的业务经营完全被控股公司所控制，其经营方法主要为了控股公司的利益，就可以判决控股公司对被控公司的债权应次于被控公司的其他债权得到清偿，这就是次级债权。台湾公司法于1980年修改时，将“股份联合公司”一章废除，改为“关系企业”，在关系企业一章中就关系企业作出定义，并就控股公司（从属公司）的债权“无论有无别除权或优先权，于从属公司依破产法之规定为破产或和解，或依本法之规定为重整或特别清算时，应次于从属公司之其他债权受清偿。”我认为在我国的公司法中也应规定这一原则，即控股公司对被控公司的债权在特定情况下可以被认定为次级债权。至于这种“特定情况”如何界定，可以从严，也可以从宽。但从我国现实情况看，应当从严。只要有证据证明控股公司有利用其控股地位将被控公司的财产或经营非法占用或谋利时，就应当确认其为“次级债权”。
第三， 在公司治理结构的法律规范中究竟在多大程度上允许司法权的介入？我们从加勒比海一个岛国TCI（Turks ＆ Caicos Islands）法院判决和我国自己国际仲裁实践中引发出这个问题的讨论。中国一家外资企业，其独资持股公司设立在TCI(特克斯凯克斯群岛)。该公司发生股东内部股权争议，该岛最高法院判决指派某公司合伙人为该公司之接管人（Joint Receiver/Manager）。按照该国法律，接管人的权限很大，他有权“使用公司的公章和图章，”有权“以公司的名义并代表公司采取各种行为并在任何契约、收据或其他文字上签字。”依照法院判决，接管人签署公司文件要求改变和撤换在中国这家外资企业的董事会成员。这一判决和文件究竟有没有效力？这引起了争论。
普通法国家中法院的权限很大，介入公司纠纷的领域也很广，如美国特拉华州公司法第225条规定，法院可以审理有关董事会选举中董事任职争议的纠纷；第226条规定，因公司管理陷入僵局（瘫痪）时，法院可以指派公司的接管人等。这在我国公司法中是没有的。对于法院介入中国公司治理结构中的争议，也有不同意见。有的主张，法院应当尽量减少介入管理领域的纠纷：对于股东之间的股权纠纷，法院应当受理，单纯的管理纠纷则不应介入。但我认为，管理层面的纠纷已经越来越多。过去是行政解决的手段，现在行政权力退出，是一个好现象，但行政权力退出的空白，应有司法权力的补入。否则，纠纷解决的空白点会给公司带来很大的损失，对任何一个股东乃至职工来说，都是很不利的。应当象普通法国家公司法那样，扩大司法权力介入的领域。
此外，我国司法救济的手段也不够充分。现有《民法通则》中有关民事责任的十种形式主要是对侵犯物权、债权、人身权的保护手段，对于股东权利的救济则显得苍白。例如，国际仲裁有一个案子，除中方违约侵犯外方的财产利益外，外方也有违约行为：按照合资企业合同与章程的规定，董事长由外方担任，总经理应由中方提名产生。但外方在中方未参加董事会的情况下同意中方总经理“革职”，然后自己提名产生了新总经理。仲裁裁决外方违约，应由中方提名并认命中方提名的人为总经理，但法院如何强制执行呢？我国没有普通法国家法院的“禁令”，也没有普通法国家法院拥有的由法院直接介入管理纠纷，甚至任命管理人员的权力，这样的判决和裁决就缺乏强制力作为后盾。